В статье описывается история становления теологии как образовательной и научной дисциплины в российском высшем образовании и науке начиная с 1992 года. Отмечается, что теология как образовательная дисциплина возникла не как проект религиозных организаций, а как инициатива Министерства науки, высшей школы и технической политики Российской Федерации, а также научного и образовательного сообщества в ситуации институционального коллапса структур «научного атеизма» в 1991 году. В статье представлена историческая информация об изменении отношения руководства Русской православной церкви к утвержденной государством университетской теологии и роли церкви в развитии государственных образовательных стандартов по теологии, а также внесения теологии в номенклатуру специальностей научных работников. Затрагиваются дискуссионные темы, обсуждаемые в академическом сообществе в связи с внесением теологии в номенклатуру специальностей научных работников ВАК РФ. В частности, на основе идей Юргена Хабермаса в статье анализируется вопрос о светскости университетского образования и условий присутствия в нем конфессиональной теологии. С философских и общественно-научных позиций рассматривается научный статус теологии, а также вопросы предметно-методической демаркации теологии и смежных академических дисциплин.