Целью статьи является исследование философских аспектов конфликтных взаимоотношений религии и науки с учетом особенностей возникновения и развития модерна в качестве цивилизационного проекта, претендующего на универсальность. Констатируется, что универсальность научного знания в современной культуре была поставлена под вопрос. Исходной точкой анализа является именно концепция модерна, выступающая в качестве фона рассматриваемого конфликта. Понятия «транскультурации» и «зоны транскультурного контакта» используются для исследования распространения модерна за пределы той области, где он возник. Сравниваются и оцениваются существующие подходы к пониманию влияния гностицизма и номинализма на идеологию модерна. Так называемая «номиналистическая революция», имевшая важное значение для становления ранней европейской науки, связывается также с появлением точек соприкосновения религии и науки и началом их будущей конфронтации. Обозначаются общие и особенные черты влияния транскультурации на взаимоотношения религии и науки в российском контексте.